SMP Negeri 13 Surabaya berdiri pada tanggal 5 Juli 1977, pada awalnya sekolah ini menempati bangunan SD Jemursari atau dulunya dikenal dengan Wisma Surya, dinamakan Wisma Surya karena terletak di proyek perumahan milik PT Wisma Surya. SMP Negeri 13 Surabaya menempati SD Wisma Surya selama 2 tahun yaitu tahun 1977- 1979. Pada tahun ajaran baru tepatnya bulan Juli 1979 pindah ke lokasi yang sekarang luas tanahnya sebesar 5.085m dan masih berbentuk persawahan yang jarang dilalui oleh masyarakat, serta rawan genangan banjir yang masuk area sekolah.

Pada awalnya SMP Negeri 13 ini hanya terdiri dari 3 ruang belajar, kemudian berkembang menjadi 6 ruang, 9 ruang, 18 ruang dengan kondisi bangunan yang tidak teratur dan kurang memadai untuk mendukung pembelajaran yang maksimal.

Tahun 2010 Pemerintah Kota Surabaya melakukan rehab bangunan melalui 4 tahap.secara berturut-turut hingga Tahun 2013. Sehingga terbentuk gedung sekolah 3 lantai yang refresentatif untuk pembelajaran dengan sarana memadai antara lain fasilitas belajar 31 ruang kelas, perpustakaan, laboratorium IPA, laboratorium komputer 4 ruang, lapangan olah raga, dan lain-lain.